在實際的旅游開發中，生態旅游很容易和生態休閑相混淆。事實上，生態旅游是一種小眾高端旅游模式；生態休閑則是一種大眾多層級、多元化的旅游類別。應該在項目開發前期就弄清楚它們之間的關系，到底是做生態休閑，還是做生態旅游。
1、目的不同
生態旅游包含兩個要點，其一是生態旅游的對象是自然景物，如特定的動物、植物、群落以及整個生態環境；其二是生態旅游的對象不應受到損害。其核心是“生態”。對生態旅游開發機構來說，盈利與其說是一種目的，不如說是更好實現生態對象保護的一種可持續性發展手段；對游客來說，生態旅游的科普性、教育性要高于對舒適度和風光的要求；對當地居民來說，生態旅游帶來的文化層次的提升和收入的增加，能夠更多地調動其自發地、更科學地參與到生態保護中來。
而相對而言，生態休閑更多是在生態環境下、生態背景中的休閑活動，雖然兼顧生態空間的發展，但其核心在于“休閑”而非生態上。對于生態休閑開發機構來說，生態更像是一種手段，而盈利才是其根本目的；對于游客來說，生態休閑追求是一種自由、舒適、天人合一的意境和生活方式，其文化性和品位性的要求較為強烈；生態休閑項目對當地居民在文化上和經濟上也有一定的帶動作用，但不完全立足于生態保護。
2、要求不同
生態保護的第一性，生態旅游具有很強的專業性，無論是對從業者、游客、當地居民，還是管理部門，都需要科學系統的教育和培訓，并處理好兩方面關系--生態旅游區內部生態保護與傳統文化、旅游開發、經濟效益等的關系；生態保護、生態旅游開發與當地政府、居民致富的關系?？紤]到生態環境的承載量，生態旅游區往往通過高價來限制游客的數量，難免會偏向高端和小眾。
相對來說，生態休閑更具大眾化和多元化，而且帶有很強的市場導向性--迎合都市居民回歸自然的夢想，以及由此產生的巨大市場空間而產生，生態休閑更強調服務、滿足游客需要而非科學教育。比如在生態花卉基地，游客完全可以采摘、購買或制作鮮花以及鮮花制品，而在生態旅游中，這種行為是嚴格禁止的。
3、管理機制不同
生態旅游在國際上已經成為一種較為成熟的旅游模式，國內的生態旅游雖然起步較晚，但也日趨成熟，形成了一些關于管理體制、資源開發、環境教育與居民權益保護等方面較為系統的經驗。在對生態旅游的管理上，基本原則是立法保護、嚴格執法，即嚴格遵照國家《環境保護法》、《海洋保護法》以及相關的環境法律法規，并針對旅游對環境影響有潛在性、持續性、累計性的特點，增加補充規定，如環保稅等。同時，明確規定生態旅游的經營范圍、開發規模和次序、接待人數、開放季節，并對其經營思路和方式作一定的限定。違法侵害自然資源者，無論是經營者、開發商還是游客，都要承擔相應的民事和刑事責任。
而生態休閑本質上是休閑旅游項目，其管理相對生態旅游來說要寬松得多。在兩者概念模糊的情況下，很多生態休閑的項目是披著生態旅游的外衣出現在政府、游客和專家學者的面前，但又達不到生態旅游的高度，反而增加很多誤解和負面的影響。
當然，生態旅游和生態休閑并不是完全對立的，兩者之間也有很多的共通點，可相互呼應，共同協調發展，甚至在一定條件下可以相互轉換。
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