1、生態旅游策劃的同質化問題。產生的根源在于行政體制下，每個省都有一個旅游規劃院，由于缺少資金等原因的影響，多數旅游規劃人員沒有更深入的學習和去國外考察研究，閉門造車，互相抄襲，迎合領導意志造成的。

2、生態旅游策劃過程中的行政干預導致生態旅游策劃無法實施科學決策能力。主要的原因是，個別地方主要負責人熱衷于名利思想，在急功近利思想指導下，荒唐做出決定，外行領導內行，還干涉了內行。

3、生態旅游策劃的整體管理水平低下。中國旅游市場起步較晚，相對比較脆弱，培訓與旅游教育無法跟上國際水平，當地居民的意識也沒有快速轉變。

4、生態旅游策劃與推廣能力有限。在策劃與推廣上，除資金以及行政干預外，中國策劃、咨詢業雖然正在快速追趕國外先進水平，但是在職業道德和職業素質上仍然缺失，受經濟利益驅使，沒有完全投入到學術的研究和概念的推廣之中。

5、生態旅游區建設后，社區生活水平下降，民眾日益貧困；

6、生態旅游策劃工程中為防止過度破壞自然生態平衡而停止開發；

7、生態旅游策劃脫離實際，或者缺少資金預算，導致缺乏資金，生態旅游開發虎頭蛇尾；

8、生態旅游策劃中的保障體系缺失，導致傳統文化逐步消失，慢慢失去本來特征；